菠萝蛋白酶是一种天然的蛋白水解酶，或蛋白质消化酶，其副作用从轻微到严重不等。反应可能包括恶心、腹泻、呕吐和嗜睡，一些女性报告称月经大出血。菠萝蛋白酶的其他副作用包括过敏反应，如心率加快、荨麻疹和喉咙紧绷。在极少数情况下，哮喘症状被记录为菠萝蛋白酶的副作用。存在菠萝蛋白酶副作用风险的人包括已知对菠萝、小麦、蜂蜇、柏树花粉、桦树花粉、猕猴桃、番木瓜和草过敏的人。。

菠萝蛋白酶是从普通菠萝植物的茎和汁液中提取的，也是一些人在食用新鲜菠萝后容易出现口腔疼痛的原因。中美洲和南美洲的当地人已经知道菠萝的积极作用，并在医学上使用了几个世纪。除了用来治疗消化系统疾病，菠萝还被用来治疗皮肤病和促进愈合。菠萝蛋白酶现在被制成胶囊或药丸，并在超市、药店和保健食品商店的柜台上出售。。

作为一种自然产生的消化酶，这种现成的膳食补充剂据称有助于消化过程，减轻胃肠系统的负担。与胃肠炎症相关的疾病患者可能会出现菠萝蛋白酶副作用，因此不应使用菠萝蛋白酶。其他人发现它有助于恶心、胃灼热、胃反流和其他与消化有关的疾病。

菠萝蛋白酶是一种抗炎剂，广泛用于治疗关节炎疼痛和肌肉酸痛。在德国，菠萝蛋白酶被用作术后护理的标准方案。菠萝蛋白酶的抗炎特性也被证明有助于减轻哺乳期妇女充血的痛苦症状。不易受菠萝蛋白酶副作用影响的人也发现它有助于增强人类免疫系统，这使它成为化疗等癌症治疗的一种有希望的补充疗法。。

菠萝蛋白酶也因其抗凝血或血液稀释特性而闻名。一般认为适量服用菠萝蛋白酶是安全的，但服用任何一种血液稀释药物的人都应该避免服用菠萝蛋白酶，以防止副作用。服用血液稀释剂时吃菠萝不应该引起问题，因为菠萝蛋白酶在菠萝茎和果汁中比在水果中更集中，但咨询医生可以帮助解决任何问题。