共分散との大きな違いは、共分散がある種の同じ染色体上の遺伝子座の物理的な併存であるのに対し、共分散は異なる種の同じ染色体上の遺伝子座が同じ目的のために物理的に併存していることである。

Co-linearityとco-linearityは、ゲノムの分野で同じように使われている用語です。どちらも、異なる種の染色体上の遺伝子位置のパターンを表す言葉である。このような分類群間の関連遺伝子の配置は、遺伝子の共通祖先を推測する上で貴重な情報である。相同性とは、ある種の生物において、同じ染色体上のモチーフが物理的に一緒に配置されていることを指す。コリニアリティとは、同じ目の異種間で、同じ染色体上のモチーフが物理的に共局在していることを指す。そのため、シンクロの一種と言えるでしょう。

カタログ

1. 概要と主な相違点 2. 同期とは 3. 共分散とは 4. 共分散と共分散の類似点 5. 並列比較 - 表形式での共分散と共分散 6. まとめ

シンテニーは何ですか？

異なる種では、同じ染色体上に位置する一連の遺伝子が存在します。さらに、このように異なる種で同じ染色体上の遺伝子が物理的に共局在化することを共線性と呼ぶことにしている。しかも、これらの遺伝子は1つの染色体上で非常に近い位置にある。遺伝子の並び順は必ずしも同じとは限りません。ただし、同じ染色体上の遺伝子の位置関係は、同じ染色体上で発生します。したがって、シンクロニシティは主に染色体上の遺伝子分布のパターンを記述するものである。これらの遺伝子共局在のパターンは、異なる種間の関係やその進化を示すものである。しかし、染色体再配列、重複、損失、転座、逆位、融合などの不均等な相同組換えは、染色体の共局在性を乱す可能性がある。

図01：シンクロナイズ

リンクしている遺伝子はすべて共変量であると仮定しています。しかし、すべての共線遺伝子がつながっているわけではありません。これらは共通の染色体配列を有している。ヒトは他の哺乳類と多くの共線遺伝子をもっています。また、多くの穀物には共線遺伝子が存在します。

コリニアリティは何ですか？

共線性とは、共線性をより具体的にしたもので、異なる種の同じ染色体上に、祖先の種と同じ順序で遺伝子群が配置されることである。したがって、共分散から乖離があれば、共分散が遺伝子の共通祖先を説明するので、より信頼性の高い系統形質となるのです。

図02: コ・リニアリティ

多方向共分散解析は、近縁種とその系統について、より信頼性の高い情報を提供します。

シンテニーと共線性の共通点

• 共優性および共分散では、2つの異なる種からのモチーフのセットが同じ染色体上に配置される。
• これらの用語は、同一染色体上のモチーフの物理的な併存を表すものである。
• 共分散は、より具体的にはcovarianceのことである。
• ゲノミクスでは、この2つの用語が同じ意味で使われることもあります。
• 2つの領域が共分散を持つ場合、それらは明らかに連想的である。
• 系統樹の推定に有用である。

シンテニーと共線性の違い

Co-locationとco-linearityは、ゲノムの分野で同じように使われている言葉です。異なる種で同じ染色体上にある遺伝子群の物理的な共局在性。コリニアリティとは、異なる種間で一群の遺伝子が同じ順番で共局在する共線性の一形態である。したがって、これがコ・ロケーションとコ・リニアリティの重要な違いである。

概要 - シンテニー vs. 共線性

コリニアリティとコ・ロケーションは、異なる種で同じ染色体上に位置する遺伝子群のことである。実際、これらの遺伝子は、異なる種で同じ染色体上に共局在している。共分散は、異なる種の同じ染色体上の遺伝子セットの物理的な共局在性を記述するのに対し、遺伝子セットが同じ順序で共局在する、より特殊な形の共局在性である。そこで、本稿では、コ・ロカリティとコ・リニアリティの違いを整理した。

引用

1 「シンクロニシティ」。英語版 Wikipedia.Org 2020, 2 「ゲノムと比較ゲノム」。IntegratedBreeding.Net2020.