如何創造一種新的生命形式:歷史學家索菲亞寄託在合成生物學的未來

合成生物學或工程新生命形式的領域還不到二十年的歷史,但它的先驅們負責當今實驗室裡最有趣的一些專案:將詹姆斯·喬伊斯的基因序列刻在合成基因組上,在不需要玫瑰的情況下複製玫瑰的氣味,可能會把已經滅絕的長毛象帶回來。...

合成生物學或工程新生命形式的領域還不到二十年的歷史,但它的先驅們負責當今實驗室裡最有趣的一些專案:將詹姆斯·喬伊斯的基因序列刻在合成基因組上,在不需要玫瑰的情況下複製玫瑰的氣味,可能會把已經滅絕的長毛象帶回來。

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那麼這個領域是怎麼開始的呢?合成生物在家譜上屬於哪一類?當我們描述合成生物學時,我們使用的語言是如何塑造這個領域的?Verge採訪了Sophia Roosth,她是哈佛大學的一位科學史學家,多年來一直在研究合成生物學的文化,為她的新書《合成:生命是如何形成的》。

為了清晰起見,本次採訪經過了編輯和濃縮。

合成生物學的巨集偉構想——比如帶回長毛象——似乎還很遙遠。但我經常發現,我們身邊已經有了一些看似未來主義的想法,比如植入人工耳蝸或宮內節育器,從技術上講,這些想法可以讓你變成一個機器人。合成生物學有這樣的例子嗎?

對,很多人認為合成生物學是一種非常未來的東西。這很常見,因為很多科學會在未來的承諾上進行談判。如果沒有使用這種修辭,你不能向NIH寫一份贈款申請:第一步,獲得補助;第二步,做我的研究;第三步,治癒癌症。

但就一個更簡單的日常例子來說,已經有一些部分開始以微小的方式影響世界。我想很多人都不知道他們每天都在和什麼樣的合成實體互動。一個例子是HPV疫苗,它是人工合成的。

例如,科學家傑伊·凱斯林正在研製一種合成抗瘧疾藥物,這種抗瘧疾的數量級比任何天然生產的抗瘧疾藥物都要便宜。在銀杏生物工廠,他們正在研究合成香料和香水,這是合成生物學與生物技術有相當大重疊的地方之一,它將基因從一個移植到另一個地方,以創造某種品質和能力。

當人們在創造新的合成生物時,它們將如何適應我們現有的家譜?會有新的樹嗎?

我聽到實驗室裡的科學家提出的一個問題是,“這是一個什麼樣的實體?這些新的生命形式包含了來自真正不同血統的基因,這意味著什麼?”

這是科學家們和社會科學家們共同關心的問題。目前還沒有達成共識,但我認為其中一個答案是,事實上,存在包含多個譜系的生物體這一事實並不新鮮。這在微生物組學研究中非常常見。我們體內充滿了細菌,我們自己的DNA中有病毒DNA,真菌在我們身體的各個部位生長。

所以還有其他的例子,所謂的元有機體,包含了來自不同血統的不同種類的生命。然後很多科學家會指出,當我們思考一個有機體的構成時,也許一個單一的基因組不再是定義一個物種的有意義的方式。

合成生物學家對進化有何看法?

真是五花八門。一些合成生物學家會說進化論是他們工具箱中最偉大的工具。與其他工程師不同的是,他們使用的是一種可以自我改造的材料。

其他人會說這是它最大的設計缺陷,因為它創造了有機體,隨著時間的推移,這些能力已經不再是必要的,而是進化的產物。有人說這是一種向前進化的形式,他們沒有做任何進化本身做不到的事情,我們只是做得更快。有人說,實際上合成生物學所要做的是讓生命遠離進化,進化控制了生命看起來太久的各種事物,合成生物學家可以以更人性化的方式幹預和塑造生命。

讓我們回去談談歷史。合成生物學確實是科學的前沿,它從21世紀初才出現。怎麼會這樣?是什麼讓人第一次想到,嘿,我們可以創造新的生命形式?

麻省理工學院的Drew Endy試圖為一種叫做T7的非常簡單的噬菌體建立一個計算模型,這種噬菌體從40年代起就在微生物學實驗室進行了研究。這是一個非常著名的非常簡單的有機體,他的想法是,它應該是相對簡單的預測模型。它只能做兩件事:要麼坐在細胞內,要麼複製-破壞細胞並感染更多的細胞。

恩迪發現這實際上是非常困難的。你無法在計算機上預測這些行為。但是他沒有放棄模型,從零開始計算,他認為,如果噬菌體如此簡單,仍然如此複雜,以至於我們無法理解它是如何工作的,那麼我們應該能夠構建一個更簡單的噬菌體,它是可預測的。然後進一步的思考是,如果你能**出一個可行的和有預測性的噬菌體,也許你會比之前更瞭解病毒。

在這個領域的早期,科學家們是否有一個目標正在朝著這個目標努力?我並不期待一個明確的宣言,但他們認為合成生物學的目的是什麼?

麻省理工學院合成生物學工作組早期的座右銘是“一次讓生活變得更好”。所謂“更好”是一個需要回答的大問題,但部分是關於設計原則。它是關於我們是否能創造出符合某些工程原理的生活的挑戰,而這些原理是你無法自然發現的。

007Ys3FFgy1gqdabg4k9dj30iy0sggne Sophia Roosth. Photo by Annette Hornischer

你花了好幾年時間採訪合成生物學家,研究他們的文化。你在進入之前對這個領域有什麼假設?有什麼驚喜嗎?

我的一個猜測是,合成生物學是生物技術的一部分,它所做的工作與1973年以來生物技術所做的工作類似。當我開始在實驗室工作並學到更多知識後,我發現最有趣的是,雖然錶面上看起來研究在使用的技術種類上非常相似,但提出的問題卻完全不同。

生物技術被投資於試圖創造實用的新生物實體:有市場的東西,有用的東西,比如藥物。在合成生物學的早期,情況並非如此。這不是試圖尋找有用的東西,而是真正嘗試建立新的生物物體。

我們來談談這裡的術語。你的書有一個關於合成生物學中使用的語言的整個部分。我們圍繞“合成”概念使用的語言告訴我們合成生物學的什麼?

語言是如此重要。合成生物學家將基因組的不同部分稱為“電路”或“開關”,這得益於電子工程和電腦科學的悠久歷史。我聽過很多次人們談論,“程式設計一個細胞和程式設計一臺計算機有什麼區別?”

有趣的是,[科學歷史學家]莉莉·凱說,“密碼”的遺傳物質的描述實際上先於“密碼”與計算機的聯絡。在它與計算機聯絡起來之前,它曾經與語言學的思想聯絡在一起。

但實際效果如何?如果我們用不同的術語來談論合成生物學,事情會有什麼不同?

語言影響著我們想象生物學工作的方式。如果你把生命想象成一臺機器,那就會嵌入你處理生物設計和生物工程問題的方式中。以還原論為例,或者相信你可以透過引用每一種方法的功能來解釋整體。最近在系統生物學等領域出現了倒退,但在許多生物技術和合成生物學領域卻普遍存在。這是一種信念,如果你知道所有的部分都做了什麼,你就能夠說一些關於整體的東西,所以重點是部分。機械零件的簡化論語言影響著設計和處理事物的方式。

談論人們是否在創造生命,以及這是否是一個“上帝般”的過程也是很常見的。在關於神創論的辯論和關於在學校教授進化論的爭論中,有一群有趣的智慧設計支持者說合成生物學是神創論的證明。如果麻省理工學院和加州理工學院的科學家需要數年的時間才能**出像病毒這樣簡單的東西,那麼這不可能是自然發生的,對吧?合成生物學家們發現這充其量只是一個有趣的現象,而且更值得關註,但這也影響了他們談論自己所做事情的方式。我在麻省理工學院與之共事的合成生物學家不再使用“創造”這個詞,因為在他們工作的政治環境中,這個詞太煽動性了。

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你認為下一步該怎麼辦?

合成生物學正開始變成一門學科,而不是一門學科本身,而是一種生物工程的常識性方法。它將變得不那麼令人驚訝,而且在生命科學中的傳播也會越來越少。

生物技術越接近於改造人類,就越會引起倫理上的關註。但我們先舉一個例子,比如重組DNA。1973年,人們擔心科學家在扮演上帝,關心倫理問題和公共安全問題。現在我有一個大學一年級的姐姐,她打電話給我,告訴我她在實驗課上如何做一些基本的重組DNA。這是一種已經變得無處不在和不起眼的東西。

我的猜測是,合成生物學的方法和技術——在這裡我特別想到的是DNA合成——將繼續變得更為普遍,更少受到關註,只是生物技術和生物工程工具箱的一部分。

  • 發表於 2021-05-10 13:50
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