方法1 方法1的2：当后代规模较小时

1. 1假设两个基因之间有一定的遗传距离（在0和0与50cM之间）。假设你把遗传距离（r）定为0.1。

2. 2 假设你有13个个体，其中2个是重组的。不重组的概率将是1-r = 1-0.1 = 0.9

3. 3因为你想追踪每个基因型，所以你把它除以2：（1-r）/2=0.45。重组者的概率为r/2=0.1/2=0.05。如果两个基因相连，数据的概率为（（r/2）^R）*（（（1-r）/2）^NR），其中R=重组者的数量，NR=非重组者的数量。因此，如果两个基因相连，数据的概率是（（0.05）^2）*（（.45）^11）如果两个基因不相连，数据的概率是（0.25）^（R+NR）=（0.25）^13现在赔率对数=（两个基因相连的数据概率）/（两个基因不相连的数据概率）。因此，赔率对数=（（（.05）^2）*（（0.45）^11））/（（0.25）^13）=25.7LOD得分将是log10（25.7）=1.41。

4. 4重复这个过程，将r设为0、0.01、0.03、0.05、0.3和0.5。你得到的LOD分数的最高值就是你的正确答案。你所假设的遗传距离可能接近两个感兴趣的基因之间的实际距离。

方法2 方法2：当后代规模较大时

1. 1为两个感兴趣的基因座建立一个血统。你收集的数据越多越好。

2. 2确定重组者和非重组者的数量。例如，假设基因座1的等位基因A1和B1来自父母一方，基因座2的A2和B2来自另一方。继承A1B1或A2B2的后代为非重组体，而继承A1B2或A2B1的后代为重组体。

3. 3计算假设两个基因座相连，获得结果的概率。这由（（R/（R+NR））^R）*（（1-（R/（R+NR）））^NR）给出，其中R=重组者的数量，NR=非重组者的数量。例如，在MNS血型系统中，M和S相连，N和s也相连。假设在100个随机个体中，25人有MS单倍型，30人有Ms单倍型，6人有NS单倍型，39人有Ns单倍型。由于M和S是连锁的，N和s是连锁的，MS和Ns是非重组者，Ms和NS是重组者。因此，重组者的数量=R=30+6=36，而非重组者的数量=NR=25+39=64。重组者频率为R/(R+NR)=36/(36+64)=0.36.因此，假设两个基因座相连，获得结果的概率为((0.36)^36)*((1-(0.36))^64) =4.19187538*10^-29.

4. 4计算假设这两个位点没有联系的情况下获得结果的概率。这是由0.5^（NR+R）给出的。在上面的例子中，这是0.5^（64+36）=0.5^100=7.88860905×10^-31。

5. 5用假设这两个基因座相连的结果的概率（来自上述步骤3），除以假设这两个基因座不相连的结果的概率（来自上述步骤4）。对于我们的例子，这等于4.19187538*10^-29/7.88860905×10^-31=53.14。

6. 6取上面（步骤5）得到的比率的基数10的对数。对于这个例子，这等于对数53.14=1.73。

• 对于LOD分数的解释，LOD分数大于3.0被认为是联系的证据。LOD得分+3表明所观察到的联系不是偶然发生的，其概率为1000比1。另一方面，LOD得分小于-2.0被认为是排除联系的证据。在上面的例子中，LOD得分+1.73，表明存在联系，但没有得到证实。如果存在联系分析，更多的数据点将增加LOD得分。