エクソームシーケンスとRNAシーケンスの主な違い

核酸配列決定とは、生物の特定のDNAまたはRN**セグメントにおけるヌクレオチドの順序を決定する技術である。シークエンスは、細胞のDNAおよびRNA組成を特定し、機能性タンパク質をコードする特定の遺伝子を識別する上で重要です。したがって、シークエンスは、これらの遺伝子および遺伝子発現の変異を理解するために使用することができます。シークエンスには、サンガーシークエンスやより高度な次世代シークエンス法が一般的に使用されています。エクソームシーケンスは、生物に存在するエクソームまたはコード化DNAの領域全体を配列決定することであり、RNAシーケンスはリボ核酸（RNA）を配列決定するプロセスである。これが、エクソームシーケンスとRNAシーケンスの大きな違いです。

カタログ

1. 概要と主な違い 2. エクソームシーケンスとは 3. RNAシーケンスとは 4. エクソームシーケンスとRNAシーケンスの類似点 5. 並べて比較 - エクソームシーケンスとRNAシーケンスの表形式 6. まとめ

エクソームシーケンスは何ですか？

エクソームとは、特定の生物をコードする遺伝子からなるゲノムの部分集合のことである。エクソンと名付けられたコーディング遺伝子は、mRNAに転写された後、アミノ酸配列に翻訳される。真核生物のRNAスプライシング機構は、転写後の修飾の際に、イントロン（非コード領域）を除去し、エクソンを保持する。エクソームシーケンスには、大きく分けてソリューションベースとアレイベースの2つの手法があります。

溶液ベースのエクソームシーケンスでは、DNAサンプルは制限酵素や機械的手法で断片化され、熱によって変性されます。この技術では、ビオチン化オリゴヌクレオチドプローブ（ベイト）を用いて、ゲノムの標的領域に選択的にハイブリダイズさせることができる。結合ステップでは、磁性体ストレプトアビジンビーズを使用します。結合後は、結合していない配列や非標的配列を洗い流すウォッシュステップが行われる。結合したターゲットはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）で増幅され、サンガーシークエンスや次世代シークエンス技術で配列決定されます。

図01：エクソームシーケンス

アレイベース法は、DN**セグメントをマイクロアレイに取り込み、配列決定の前に結合と洗浄のステップを踏むことを除けば、溶液ベース法と同様である。

エクソームシーケンスは、病気の遺伝子診断、遺伝子治療、新しい遺伝子マーカーの同定、農業における様々な有益な農学的形質の同定、植物の育種過程などに広く利用されています。

RNAシークエンスは何ですか？

RNAシーケンスは、細胞の完全な転写産物であるトランスクリプトームに基づいています。RNAシーケンスの重要な目標は、mRNA、ノンコーディングRNA、small RNAなどすべての種の転写産物を分類し、遺伝子の転写構造を決定し、発生中の各転写産物の発現レベルを定量化することにあります。RNAの塩基配列決定では、当初、ハイブリダイゼーション技術（成熟mRNAの塩基配列から相補的なDNAを誘導する方法）が用いられていた。現在、RNAの塩基配列決定には、より精密で高度な浸透技術が用いられています。

図02：RNAシークエンス

RNAシーケンスでは、RNAサンプルはトータルRNAと分画RNAがあり、逆転写により相補的DNA（cDNA）に変換され、cDNAライブラリーが作成されます。各cDN**セグメントは、両側（ダブルエンドシーケンス）または片側（シングルエンドシーケンス）でスプライサーにリンクされています。これらのマーカー配列は、サンガーシークエンスやエクソンシークエンスなどの次世代シークエンスで塩基配列を決定します。

エソームとRNAシークエンスの共通点

• DNA/RNAのショートフラグメントまたはフルセットをエクソンまたはRNAのシーケンスに使用することができます。
• 配列断片はライブラリに格納されます。
• サンガーシークエンスや次世代シークエンスが使用可能です。
• いずれもインビトロシーケンス法である。
• 配列された断片は、蛍光マーカーで識別することができます。

エソームとRNAシークエンスの違い

概要 - エソーム vs. RNAシークエンス

エクソームとは生物の完全なコード領域を指し、エクソンの正確な塩基配列を決定する技術をエクソームシーケンス、生物のRNAの塩基配列を決定する技術をRNAシーケンスと呼ぶ。これが、エクソームシーケンスとRNAシーケンスの違いです。

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引用

1. Wang, Z. et al.「RNA配列：トランスクリプトミクスの革命的ツール」、Nature Reviews。Genetics, U.S. National Library of Medicine, January 2009, available here. accessed 3 September 2017. 2. Warr, Amanda et al."エクソームシーケンス：現状と将来の展望"G3: Genes|Genomes|Genetics, Genetics Society of America, August 2015, available here. 2. Warr, Amanda et al."Exome sequencing: Current and Future Perspectives," G3: Genes|Genomes|Genetics, Genetics Society of America, August 2015.