upgma公司(upgma)和鄰接連線樹(neighbor joining tree)的區別

UPGMA和鄰接連接樹的關鍵區別在於每種方法產生的系統進化樹的類型。UPGMA是構建有根系統發育樹的技術，鄰接連接樹是構建無根系統發生樹的技術。

系統發育樹是一種樹狀圖，顯示了生物體之間的進化關係。一個系統進化樹可以有不同的拓撲結構，這取決於構建樹的技術。UPGMA和鄰域連接樹是構建系統進化樹的兩種主要方法。

什麼是upgma公司(upgma)？

在生物信息學中，有不同的聚類技術。UPGMA代表未加權對組方法和算術平均數。它是一種分層分組方法。這種方法是由索卡爾和米切納介紹的。這是發展系統進化樹的最快技術。由此產生的系統發生樹是一個有共同祖先的有根系統發生樹。

當使用UPGMA方法繪製系統發生樹時，它認為所有譜系的進化速率都是一樣的。因此，UPGMA是一個重要的假設。然而，這也是該技術的主要缺點，因為在構建樹的過程中沒有考慮突變率。相反，它假設突變率是一個常數。此外，這一假說被稱為“分子鐘假說”。因此，在實際環境中，由UPGMA方法構建的系統發育樹可能並不準確可靠。

upgma公司(upgma)和鄰接連接樹(neighbor joining tree)的區別

圖01:UPGMA繪製的系統發育樹

UPGMA方法考慮成對距離來生成系統發生樹。最初，每一個物種都是一個集群，兩個進化距離最小的集群形成一對。因此，它依賴於距離矩陣。算法表達式在解釋使用UPGMA方法繪製的系統發育樹的數據時起著重要作用。

什麼是鄰接連接樹(neighbor joining tree)？

鄰域連接樹是另一種用於生成系統樹的聚類技術。Naruya Saitou和Masatoshi Nei是介紹該方法的先驅。與UPGMA不同的是，這種技術可以生成無根樹。此外，該方法中的聚類不依賴於超距離。然而，在構建系統進化樹時，考慮了進化速率的變化。因此，使用這種技術繪製的樹會有變化。因此，這種方法使用特殊的數學算法來評估這些變化。

圖02：從鄰接法繪製的系統發育樹

在構造樹時，該方法分別考慮每個譜系之間的距離。每個血統連接樹中新構造的節點。所有這些節點都連接到中心節點。因此，當一個新節點出現時，從中心節點到新節點的距離非常重要，並使用算法進行計算。這些算法數據決定了新節點的位置。

upgma公司(upgma)和鄰接連接樹(neighbor joining tree)的共同點

兩種方法在構建系統進化樹時都使用聚類技術。
此外，這兩種方法都需要使用數學算法來解釋系統發生樹。
DNA序列數據在這兩種方法中都起著重要作用。
這兩種方法都會產生自底向上的聚類方法。
此外，使用這兩種技術可以分析大數據集。
使用bootstrap方法可以對這兩種類型的樹進行統計數據分析。
它們在生物的分類和鑑定中都起著重要的作用。
此外，這兩種方法都提供了生物進化關係的數據。

upgma公司(upgma)和鄰接連接樹(neighbor joining tree)的區別

UPGMA與鄰接連接樹的關鍵區別在於所構造的樹的類型。所以，UPGMA生成有根樹，而鄰接連接樹生成無根樹。此外，UPGMA是一種不太可靠的方法，而鄰接樹是一種比UPGMA更可靠的方法。所以，這是UPGMA和鄰居連接樹的另一個區別。

下面的信息圖總結了UPGMA和鄰居連接樹之間的區別。

upgma公司(upgma)和鄰接連接樹(neighbor joining tree)的區別

總結 - upgma公司(upgma) vs. 鄰接連接樹(neighbor joining tree)

UPGMA和鄰域連接樹方法是構建系統發生樹的兩種重要技術。UPGMA方法不考慮進化速率，而鄰域連接方法在構建樹時考慮了進化速率。因此，由NJ-tree方法得到的系統發育樹具有較高的複雜性和可靠性。然而，它沒有UPGMA方法那麼快。此外，UPGMA和鄰接連接樹的關鍵區別取決於每種技術產生的樹的類型。UPGMA生成有根的系統發育樹，鄰接連接樹方法得到無根系統發育樹。