upgma公司(upgma)和邻居连接树(neighbor joining tree)的区别

UPGMA与邻接树的主要区别在于UPGMA是一种基于平均连锁法的凝聚层次聚类方法，而邻接树是一种基于最小进化准则的迭代聚类方法。此外，UPGMA生成有根系统发育树，邻接树生成无根系统发育树。由于UPGMA方法假设进化速率相等，分支尖端的数目相等，而邻接树方法允许进化速率不等，因此分支长度与变化量成正比。...

UPGMA（算术平均的无权对群方法）和邻居连接树（NJ）是两种从距离矩阵构建系统发育树的算法。一般来说，UPGMA方法是一种简单、快速、不可靠的方法，而邻接树方法是一种比较快速的方法，与UPGMA方法相比具有更好的结果。

覆盖的关键领域

1.什么是UPGMA–定义、方法、意义2。什么是邻接树-定义，方法，意义3。UPGMA和邻居连接树之间有什么相似之处——共同特征概述4。UPGMA和邻居连接树的区别是什么？关键区别的比较

关键术语

Agglomerative Clustering Methods, Distance Matrix, Neighbor-Joining Tree, Phylogenetic Tree

什么是upgma公司(upgma)？

UPGMA是Sokal和Michener提出的一种简单、凝聚的层次聚类方法。这是最简单和最快的方法建立一个根和超进化树。然而，该方法的主要缺点是假设所有谱系的进化速率相同。这意味着随着时间的推移，这些谱系的突变率是恒定的。这也被称为“分子钟假说”。此外，它还生成树中具有相似距离的所有分支。然而，由于很难对所有谱系具有相同的突变率，在现实中，UPGMA方法更经常生成不可靠的树拓扑。

Figure 1: UPGMA Method

此外，UPGMA方法从一个成对距离矩阵开始。最初，它假设每个物种是一个独立的集群。然后，将距离矩阵中距离值最小的最近的两个簇连接起来。此外，它通过取平均值来重新计算关节对的距离。然后，该算法重复这个过程，直到所有物种都连接在一个单独的簇中。

什么是邻居连接树(neighbor joining tree)？

邻居连接（NJ）树方法是最新的用于构建系统发育树的凝聚聚类方法。它是1987年由Naruya Saitou和Masatoshi Nei开发的，但是它建立了一个无根的系统发育树。此外，它不需要超距离，并使用星分解方法。此外，邻接树算法根据进化率的变化进行调整。因此，它开始于一个未解决的星状树。

Figure 2: Neighbor-Joining Tree C***truction

此外，在邻接树方法中，矩阵Q是基于当前距离计算的。然后，它选择距离最小的一对沿袭连接到新创建的节点。但是，此节点与中心节点连接。然后，该算法计算从每个沿袭到新节点的距离。然后计算从外部到新节点的距离。最后，根据计算出的距离，用新节点替换连接的邻居。

upgma与邻域连接树的相似性

UPGMA与邻居加入树是构建系统发育树的两种算法树木，带着作为输入的距离矩阵。通常，距离矩阵是 2D矩阵–包含一组点的成对距离的数组。
由此产生的一组相关蛋白质或DNA序列的比对分数可以作为衡量距离矩阵的构造。
两者都是凝聚的 (（自下而上）聚类方法。
它们是计算速度更快的方法更便宜。
因此，它们可以广泛应用数据集。
此外，这两种方法都能产生更好的结果与其他类型输入的方法相比。
虽然它们被设计用来生产一棵树，但有时它们生产不止一棵树拓扑，导致“混乱” 基于数据输入的行为命令。
Bootstrap值是检查节点/分支形成的概率。

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定义

UPGMA是一种直接从距离矩阵构造有根系统发育树的方法，而邻接树是一种通过星型树来构造无根系统发育树的新方法。

编制人

UPGMA方法由Sokal和Michener于1958年提出，邻接树由Naruya-Saitou和Masatoshi-Nei于1987年提出。

意义

UPGMA是一种基于平均连锁法的凝聚层次聚类方法，邻接树是一种基于最小进化准则的迭代聚类方法。

系统发育树类型

UPGMA方法建立有根系统发育树，邻接树方法建立无根系统发育树。

距离类型

另外，UPGMA算法要求距离是超度量的，邻接树算法要求距离是可加的。

系统发育树分支的性质

由于UPGMA方法假设进化速率相等，因此枝尖的长度相等（从根到枝尖的长度相同）。由于邻接树方法允许不同的进化速率，分支长度与变化量成正比。

速度

UPGMA是一种简单快速的方法，而邻接树是一种比较快速的方法。

可靠性

此外，UPGMA方法是一种不可靠的方法，而邻接树方法的结果更好。

结论

UPGMA是两种基于进化距离数据构建系统进化树的算法之一。此外，它还构建了一个分支长度相似的有根系统发育树。此外，它是从距离矩阵构建系统发育树的简单、快速、最可靠的算法。另一方面，邻接树是第二种从距离矩阵构建系统发育树的方法。然而，它产生了一个无根的系统发育树，其分支长度反映了进化过程中的变化量。此外，该算法建立了最可靠的系统进化树，尽管该算法的速度相对较慢。因此，UPGMA与邻域连接树的主要区别在于系统发育树的特点和算法的特点。