根据考古发现，据推测，日本的原始人类活动最早可追溯到公元前200000年，当时这些岛屿与亚洲大陆相连。尽管一些学者对这一早期的居住日期表示怀疑，但大多数人都认为，到公元前40000年左右，冰川作用已经使岛屿与大陆重新连接起来。

居住在日本的土地上

根据考古证据，他们还同意，在公元前35000年至30000年之间，智人已经从东亚和东南亚迁移到这些岛屿，并有着良好的狩猎、采集和石器制作模式。这一时期的石器、居住地点和人类化石遍布日本所有岛屿。

乔蒙时期

在公元前10000年左右，新石器时代或一些学者认为的中石器时代文化产生了更稳定的生活模式。可能是现代日本阿伊努原住民的远祖，异质的绳纹文化（约公元前10000-300年）的成员留下了最清晰的考古记录。到公元前3000年，约蒙人用编织或未编织的绳子和棍子（约蒙语的意思是“编结的绳子的图案”）在湿粘土上压印图案，从而制作出装饰图案的粘土雕像和器皿，并且越来越复杂。这些人还使用有缺口的石器、陷阱和弓箭，他们是猎人、采集者和熟练的沿海和深水渔民。他们从事最基本的农业活动，居住在洞穴中，后来又成群结队地居住在临时浅坑住宅或地上房屋中，留下丰富的厨房中餐供现代人类学研究使用。

根据考古学研究，到了绳纹晚期，发生了戏剧性的变化。早期的种植已经演变成复杂的水稻种植和政府控制。日本文化的许多其他元素也可以追溯到这一时期，反映了来自北亚大陆和南太平洋地区的混合移民。这些元素包括神道神话、婚姻习俗、建筑风格和技术发展，如漆器、纺织品、金属加工和玻璃制造。

弥生时期

下一个文化时期，从九州南部到本州北部，大约在公元前300年到公元250年之间，弥生（以考古调查发现其遗迹的东京部分命名）繁荣起来。最早的这些人被认为是从朝鲜迁移到九州北部并与绳纹人混杂在一起的，他们也使用有缺口的石器。虽然弥生的陶器在技术上更先进，但它的装饰比绳纹陶器更简单。

弥生人制造了青铜的仪式性非功能钟、镜子和武器，到公元一世纪，还制造了铁制农具和武器。随着人口的增加和社会的复杂化，他们编织布料，居住在永久性的农业村庄，建造木石建筑，通过土地所有权和粮食储备积累财富，并发展出不同的社会阶层。他们的灌溉湿稻文化与中国中部和南部相似，需要大量人力投入，这导致了高度定居的农业社会的发展和最终增长。

与中国不同，日本拥有丰富的水资源。中国必须承担大规模的公共工程和水资源控制项目，导致政府高度集中。因此，在日本，地方政治和社会发展相对而言比中央当局和分层社会的活动更为重要。

关于日本的最早书面记录来自这一时期的中国资料。Wa（日本早期中文名字的日语发音）最早出现在公元57年。早期的日本历史学家将佤族描述为数百个分散的部落社区的土地，而不是统一的土地，它有着700年的传统，如尼基尼所描绘的那样，它把公元前660年的根基建立在公元前2年。

三世纪的中国消息来源报道说，佤族人以竹子和木制托盘上的生蔬菜、大米和鱼为生，有奴隶主关系，收税，有省级粮仓和市场，拍手朝拜（神社中仍有这种做法），有激烈的继承斗争，建造土冢，并进行哀悼。Himiko是早期政治联盟Yamatai的女性统治者，在三世纪繁荣发展。日美子作为精神领袖统治期间，她的弟弟负责国家事务，包括与中国魏朝（公元220年至65年）朝廷的外交关系。