虽然MHTML编码的文件包含纯HTML代码的部分，但在尝试将MHTML转换为HTML时可能会出现复杂情况。有几个程序能够读取MHTML或多用途Internet邮件扩展（MIME）超文本标记语言（HTML）文件和派生格式，但需要一种特殊类型的程序将文件内容转换并写入HTML。可能会出现问题，因为来自网站的数字数据在文件中进行了编码，而重建网站并在本地提供所有信息的正确链接可能是一项艰巨的任务。大多数操作系统都有允许MHTML到HTML转换的程序，尽管用户可能需要额外的工作。

将文件从MHTML转换为HTML的主要问题是文件中写入的二进制数据。数据的保存方式允许通过web浏览器读取和显示MHTML文件，但不便于转换同一文件。MHTML存储为一种嵌入式代码，它使用不同的变量来组织数字文件的位置。二进制信息（如在线图像）存储在原始网站上，并带有指向在线位置的链接。这些信息会被删除，并用MHTML文件转换为局部变量，这使得在HTML文档中很难将二进制媒体与其正确的位置和格式进行匹配。

很少有程序可以将MHTML转换为HTML。有一些插件和其他附加组件可以让程序加载、编辑并将文件重新保存回MHTML，但只有少数独立程序会尝试将其转换为HTML。通常，这些程序要求用户查看代码，以确定二进制文件应放在代码中的什么位置，从而允许用户从归档文件中重建页面。

并非所有网页都可以准确地保存为MHTML文件。各种复杂的格式，可以作为媒体嵌入到一个网站将无法正确保存，如果有的话。这包括Java®小程序、流媒体和许多脚本，这些脚本依赖于浏览计算机无法访问的服务器上的其他文件。

将MHTML转换为HTML最有效的方法是找到独立的程序和插件，这些程序和插件将增量地将文件从一种格式转换为另一种格式，最后可能转换为HTML。某些操作系统甚至不支持自己浏览器中的MHTML文件。如果其他一切都失败了，可以使用Base64解码器手动解码文件中的二进制MIME信息，仅提取HTML并尝试手动重建存档中的网站，但这一过程将非常耗时。