合理药物设计是一种现代医学方法，它应用计算机技术将潜在药物与疾病靶点相匹配。倡导者称赞这种方法的便利性、技术的使用以及快速合成和交付复杂信息的能力。这种类型的药物设计已经以比传统药物创造方法更快的速度提供了成功的药物方案。然而，批评者认为，理性药物设计的价格标签和专业水平将许多地区排除在外。此外，结果往往不如其他方法可靠。

合理的药物设计包括创造模拟有害物质结构的药物。这些尝试性治疗通常涉及小分子，这些小分子的形状与体内发现的促进疾病的分子相似。这种相似性允许药物分子与这些物质结合，产生或抑制反应。例如，科学家可以通过电子方式搜索激活重要蛋白质或导致细胞自杀的物质。

合理药物设计的一个主要优点是显著简化了药物发现。旧方法主要依靠反复试验，测试无数潜在物质，直到发现一种与受试者有积极作用的物质。仅使用这些方法，药物测试通常跨越数年。这段漫长的时间削弱了许多疾病所需的药物供应。

理性药物设计之所以能如此迅速地完成，一个原因是它经常利用计算机技术，这就是为什么它也可以被称为计算机辅助药物设计。软件程序使研究人员能够三维地观察物质和潜在目标。因此，科学家可以测试潜在的反应，而无需长时间的实验室练习。

科学家还创建了潜在有用物质和药物靶标的数据库。这使个人能够快速扫描数千个文件，并修改对特定物质的搜索。电子存储还允许不同组织之间共享信息。

然而，这种方法的技术密集性可能会成为一个弱点。没有配备先进计算机程序的地区不太可能从合理的药物设计中获益。缺乏资源可能反过来导致科学家缺乏学习动机。

此外，使用这项技术需要在化学、生物学和计算机技术方面受过良好教育的研究人员和科学家。在许多领域，满足这些严格的技能要求可能很困难。在工资和设备方面为这些方法提供资金可能会造成另一个障碍。

另一个重要的考虑因素是药物设计的性质。虽然传统的实验室工作可以产生可量化的结果，但合理的药物设计只能提供一种物质如何与另一种物质反应的估计和预测。因此，反复检测和认真筛选仍然是必要的。与任何电子程序一样，出错的机会也可能增加。

尽管存在这些缺点，但最重要的是，合理药物设计的潜力对患者是有希望的。个人可以更快地获得新药。反过来，可以发现并创造更多不同的治疗方法。在从流感到人类免疫缺陷病毒（HIV）的各种情况下，已经记录了成功的案例。