自然孔口手术，也称为自然孔口腔内内镜手术或NOTES的商标名，有时被称为无瘢痕手术。通过身体的自然孔口（口、阴道或结肠）进行切口，可以接触到胃或肠道系统中的器官或肿瘤，而不是在身体外部进行切口。自然孔口手术仍处于实验阶段，但仍有一些患者通过口腔摘除了胆囊。。

在一些外科手术中，通过自然孔口进行手术是有意义的。例如，扁桃体切除术通常通过口腔进行。结肠息肉是通过自然孔口进入的。这些长期以来被认为是标准的，它们是“无疤痕”的程序。事实上，新的欧洲外科学会成立了NOS，以研究所有自然孔口手术、传统手术以及这些新的实验版本。NOTES则不同，因为它主要指的是尚未通过自然孔口进行的新版本，也专门用于传统上由胃肠外科医生进行的手术。。

一些患者可能比其他患者更适合自然孔口手术。该技术的支持者说，它可能对肥胖患者特别有用，因为外部切口往往需要更大，以补偿多余或更大脂肪细胞的存在。对于那些用网固定疝气的人来说，切除器官也可能很复杂，因为有些网可能会被切开，这可能导致将来需要更多的疝气修补。此外，这种方法的支持者认为，不切开胃部肌肉将加快大多数患者的恢复时间，因为这些手术的疼痛主要与切口有关。。

另一些人认为，腹腔镜技术的改进使得许多自然孔口手术变得多余，并且比许多腹腔镜手术所需的小切口风险更大。医学界在这个问题上存在分歧，这类手术大多在欧洲和南美洲进行，尽管2008年，一名妇女成功地进行了经阴道阑尾切除术。患者对不切开胃部肌肉进入阑尾的好处表示赞赏，并表示术后疼痛程度很小。。

尽管这种情况可能会改变，但实验性自然孔口手术方面的专家仍然很少，因为这被认为是一种实验性方法，如果外科医生向你建议这种手术，最好向保险公司查询，因为一些保险公司不承保任何被视为实验性的治疗。有些外科医生并不完全支持自然孔口手术，或者他们还没有对自己的观点做出承诺。一些专家希望对此类手术的更多领域进行定义，特别是希望看到更好地理解这种技术的内部伤口愈合和感染风险问题。随着越来越多的此类手术的实施，更多的数据可能会确定其有用程度以及此类手术优于其他手术方法的条件。。