免疫学的历史可以追溯到早在公元前5世纪的希腊，在那里收集了关于从瘟疫中康复的个人的证据，并且在此后对瘟疫免疫。生活在公元前460年至公元前400年的希腊历史学家修昔底德首次记录了这一发现。在免疫学史上，从这一点开始，在中国和奥斯曼帝国等遥远的地方，直到18世纪末，文化界一直在进行几种免疫人的实验方法。1796年，一位名叫爱德华·詹纳的英国医生发明了第一种可靠的天花疫苗接种方法，免疫学的现代史从此开始。。

免疫学的应用主要集中在通过在体内植入一种疾病的弱化形式来给个体接种疫苗，以刺激对该疾病的长期抵抗和自然免疫反应。在这方面，10世纪的中国是免疫学史上最广泛、最系统的发病之一。天花当时在中国是一种普遍的疾病，人们用天花疗法治疗天花。天花特指天花在皮肤表面造成的疤痕，中国的做法是从天花病损中取出材料，让健康人吸入，或将其植入皮肤下以刺激免疫反应。1670年，奥斯曼帝国也采用了同样的做法，但由于缺乏标准化的天花疗法，有时无法保护健康人，或最终导致天花疾病本身。。

从奥斯曼帝国开始，英国通过英国驻奥斯曼大使玛丽·沃特利·蒙塔古夫人接受免疫学培训。她自己也感染了天花，但却活了下来，成为天花疗法的支持者。1718年，她指示医生在英格兰国王面前用它来保护她的儿子和后来的女儿。

英国王室后来用这种方法在囚犯身上进行了试验，他们幸存了下来，因此这种做法在1700年代早期在不列颠群岛传播开来，到1740年，它已经横渡大西洋并在美国使用。1774年和1796年，英国农民本杰明·杰斯蒂（Benjamin Jesty）和英国科学家爱德华·詹纳（Edward Jenner）都通过使用对人类无害的牛痘病毒改进了这一过程。这种相关的病毒用于为个人接种天花疫苗，将免疫学的历史带到了一个安全且广泛有效的治疗人类的阶段。。

从这一点上发展起来的其他疾病的免疫学类型。免疫学的历史包括罗伯特·科赫（Robert Koch）1875年的工作，他是一位正在寻找结核病治疗方法的德国乡村医生。免疫学史上的一个分水岭时刻被认为是1878年，法国化学家路易斯·巴斯德（Louis Pasteur）证实了关于细菌存在及其在人类疾病中的因果关系的理论。巴斯德被认为是开发狂犬病和炭疽疫苗的功臣，并完善了加热和快速冷却过程，以对牛奶和葡萄酒进行消毒，后来被称为巴氏杀菌。。

免疫学培训和知识传播被认为是文明发展的一个关键因素，特别是在天花方面。众所周知，早在公元前10000年，天花就在非洲东北部肆虐人类，大约在公元前1000年左右从那里传播到埃及和中国，到公元500年传播到日本。免疫学的历史沿袭了天花在公元400年到600年间传播到欧洲大陆，到公元1500年它席卷了整个大陆。18世纪期间，天花据信已在全世界造成至少40万人死亡。。

免疫学的发展史紧跟着西方文明的脚步，因为天花和黑死病等广泛传播的疾病而遭受巨大损失。据信，这些传染病阻碍了整个社会的进步。然而，截至2010年，世界卫生组织（WHO）估计每年通过免疫接种挽救了250万人的生命。这包括预防白喉、百日咳和破伤风等疾病。