每个个体的直肠炎治疗直接取决于直肠炎本身的原因，如性传播疾病或辐射。直肠炎的治疗可能包括治愈感染或停止服用可能导致炎症的药物。也可以开抗生素、栓剂和其他药物来治疗这种疾病

当直肠粘液层发炎的原因与性传播疾病（STD）有关时，通常会给患者服用抗生素。如果可能的话，这样做是为了治疗疾病和炎症。其他特定性病药物也可作为直肠炎治疗，具体取决于感染的疾病

克罗恩病、溃疡性结肠炎和其他可能导致直肠炎的疾病通常通过处方药治疗。这些可以作为灌肠剂或栓剂。有时，口服药物可能与这些方法中的一种结合使用。如果直肠炎的原因是无法停止的放射治疗，治疗可能包括帮助患者止血的药物以及帮助破坏导致炎症的受损组织的药物

如果感染是炎症的原因，那么处方药物将取决于感染的类型。通常使用抗病毒药物或抗生素来对抗感染和直肠炎。如果肠易激综合征导致炎症，直肠炎治疗可能会导致手术，尽管医生通常会在采取手术前尝试用尽所有其他治疗方法。抗炎药通常可以帮助患者控制直肠炎并避免手术。。

在轻度到重度不适的情况下，直肠炎治疗通常包括外用药膏或其他药物来缓解疼痛。这些可能是处方强度，也可能是非处方药。纤维补充剂和大便软化剂也可以帮助缓解或预防疼痛，普通非处方止痛药也可以。

某些类型的直肠炎治疗也可以是自然的。轻微疼痛的患者，或希望不使用药物的患者，可以进行坐浴，或在马桶上方的小座位上浸泡温水，以治疗他们的症状。另一种可能的自然治疗方法是，食用低残留饮食，或一组旨在尽可能减少大便量的特殊食物。建议患者睡前不要进食，以免出现直肠炎症状。