コンティグとスキャフォールドの大きな違いは、コンティグにはギャップがないのに対し、スキャフォールドはコンティグとギャップで構成されている点です。

多細胞生物のゲノムの配列決定は、単細胞生物の配列決定に比べ、非常に困難である。全ゲノムバードショットシーケンスは、多細胞ゲノムを簡便かつ迅速に配列決定する技術です。重なり合う多数のDN**セグメントを並列に並べる方法です。この方法では、小さな断片は大きなコンティグに組み立てられ、そのコンティグをコンピュータで組み立てて大きな容器にする。このコンティグが足場に組み合わされ、最終的に染色体を形成する。このように、コンティグは塩基配列の連続した延長であり、スキャフォールドはコンティグとギャップからなるゲノムの一部である。コンティグとスキャフォールドはどちらも組換えゲノム配列である。

カタログ

1. 概要と主な違い 2. Contigとは 3. Scaffoldとは 4. ContigとScaffoldの類似点 5. 横並び比較 - Contigとscaffoldを表形式で 6. まとめ

続き（コンティグ）は何ですか？

コンティグとは、ゲノム配列のことです。a、c、g、tの塩基からなる連続した配列のことです。これは、いくつかの小さな重複するDN**セグメントを1つの長い配列に結合することで形成されます。コンティグとは、簡単に言えば、配列セグメントの集合体のことである。コンティグの作成には、ローカルな文字列マッチングとアライメント手法に基づき、重複する配列セグメントを特定することが必要である。

CONTIGはクリアランスがありません。足場の一部である。CONTIGは、足場ができたときに連動していたんです。そのため、ゲノム上のコンティグの相対的な位置と方向に関するより多くの情報が必要です。この隙間が、足場の開口部を区切っているのです。基本的に、コンティグアセンブリは全ゲノムガンシーケンスにおいて重要なステップである。コンティグを最終的に完全なゲノム配列に組み立てること。コンティグの組み立てには、通常、文字列マッチングと配列アライメントに使用されるアルゴリズムの知識が必要です。

足場(scaffold)は何ですか？

足場は全ゲノムの最後に配列決定されたバードショットクローンから再構成されたゲノム配列である。構造的には、足場は接続と隙間で構成されています。このように、コンティグをつなぎ合わせたり、隙間で区切ったりすることでスキャフォールドを形成している。スキャフォールドの作成には、遺伝子内のコンティグの相対的な位置と方向に関する情報が必要である。ゲノムワイドなバードショットアセンブリの目的は、各ゲノム配列を単一の足場上に表現することである。しかし、その可能性は低い。したがって、1つの染色体は複数の足場によって表現することができる。足場が重なることもあります。また、足場によっては、組み立て工程でフィルタリングされる場合があります。

図02：ゲノムワイドBirdshotアセンブリの概要

足場の隙間の長さは、本当の長さを示しているわけではありません。一般に、ギャップはある一定の長さに任意に設定される。その結果、このような間隔や長さの不確かさによって、ゲノム上の**エネルギー要素の真の空間的関係や、実際の情報の欠落の程度を理解することが難しくなっています。ギャップはゲノム情報の欠落を表すこともある。

コンティグと足場の共通点

• コンティグとスキャフォールドは、塩基配列からなるゲノム配列です。
• 足場は、目地と隙間で構成されています。

続き（コンティグ）としけいだいの違い

連続配列とは、配列の断片が集合してできた連続した配列のことです。一方、スキャフォールドとは、コンティグを結合して再構成されたゲノム配列の一部分のことである。これがコンティグとスキャフォールドの重要な違いです。また、スキャフォールド内のコンティグには隙間がないのに対し、スキャフォールド内のコンティグは隙間で区切られています。

以下のインフォグラフィックでは、コンティグとスキャフォールドの違いをさらに詳しく説明しています。

概要 - コンティグ vs. 足場

コンティグとスキャフォールドは、いずれも全ゲノム配列決定プロジェクトで用いられる組み換え塩基配列で、a, C, G, T塩基を隙間なく含む連続した拡張ゲノム配列である。ステントとは、リガチャーとギャップからなるゲノム配列のことである。したがって、最短の組立部品は連続し、足場も連続する。最後に、全ゲノム配列決定では、足場が染色体に組み合わされます。そこで、本稿ではコンティグとスキャフォールドの違いについてまとめてみた。

引用

1 複雑なゲノム：バードショットシークエンス〉、サイタブル、ネイチャーエデュケーション、2008年