康蒂格(contig)和脚手架(scaffold)的区别

contig和scaffold的关键区别在于contig没有间隙，而scaffold是由contigs和gaps组成的。

多细胞生物的基因组测序与单细胞生物的测序相比是非常困难的。全基因组鸟枪测序是一种简单、快速的多细胞基因组测序技术。这是一种将许多重叠的DN**段并行排列的方法。在这种方法中，小碎片被组装成较大的碎片，然后用计算机组装成更大的容器。然后将这些contigs组装成支架，最后形成染色体。因此，contig是核苷酸序列的连续延伸，而scaffold是由contigs和gaps组成的基因组的一部分。contig和scaffold都是重组的基因组序列。

什么是继续(contig)？

Contig是一个基因组序列。它是由a、C、G和T碱基组成的连续序列。它是通过把几个小的重叠的DN**段组合成一个较长的序列而形成的。简单地说，contig是一组序列片段的集合。Contig创建包括基于局部字符串匹配和对齐方法识别重叠序列片段。

康蒂格(contig)和脚手架(scaffold)的区别

CONTIG没有间隙。它是脚手架的一部分。创建脚手架时，CONTIG被链接在一起。它需要更多的信息，有关contigs在基因组中的相对位置和方向。这些缝隙将脚手架中的孔道分开。基本上，contig组装是全基因组喷枪测序的重要步骤。最后将Contigs组装成完整的基因组序列。Contig程序集通常需要了解字符串匹配和序列对齐中的算法。

什么是脚手架(a scaffold)？

支架是从全基因组末端测序的鸟枪克隆中重建的基因组序列。在结构上，脚手架由连接和缝隙组成。因此，脚手架是通过将连接件连接在一起并通过间隙将其隔开而形成的。支架的建立需要关于基因中contigs的相对位置和方向的信息。全基因组鸟枪组装的目的是在一个支架上代表每个基因组序列。但是，这不太可能。因此，一个染色体可以用几个支架来表示。有时脚手架可能重叠。此外，在装配过程中，有些支架可能会被过滤掉。

图02：全基因组鸟枪装配概述

脚手架间隙的长度不能显示其真实长度。一般来说，间隙是任意设置为一定的固定长度。因此，这些间隔和长度上的不确定性给理解基因组**能元素的真正空间关系和信息缺失的实际程度带来了困难。有时缺口代表缺失的基因组信息。

康蒂格(contig)和脚手架(scaffold)的共同点

Contig和scaffold是由核苷酸序列组成的基因组序列。
脚手架由连接和缝隙组成。

继续(contig)和脚手架(scaffold)的区别

连续序列是由一组序列片段组合而成的连续序列。相比之下，支架是通过连接contigs来重建基因组序列的一部分。所以，这就是contig和scaffold的关键区别。此外，脚手架上的连接件没有间隙，而脚手架中的连接件则由间隙隔开。

下面的信息图表列出了contig和scaffold之间的更多差异。

康蒂格(contig)和脚手架(scaffold)的区别

总结 - 康蒂格(contig) vs. 脚手架(scaffold)

contig和scaffold都是全基因组测序项目中的重组核苷酸序列。Contig是一个连续延伸的基因组序列，包含a，C，G和T碱基，没有缺口。支架是一个由连接和缺口组成的基因组序列。因此，最短的装配组件是连续的，而支架是连接的。最后，在全基因组测序中，将支架组装成染色体。因此，本文总结了contig和scaffold的区别。