主要区别
下胚轴和上胚轴的主要区别在于，下胚轴位于种子叶（子叶）下方，而上胚轴位于茎子叶上方。
下胚轴(hypocotyl) vs. 上胚轴(epicotyl)
下胚轴在胚层萌发中起作用，以确保子叶从土壤中出来，而上胚轴在地下萌发中起作用，它负责将子叶保持在土壤中。下胚轴位于子叶节和胚根（胚根）之间，而上胚轴位于胚芽（从种子胚部分生长的第一个嫩芽）和子叶节之间。胚芽是上胚轴的末端，胚根是下胚轴的末端。
下胚轴发育成一种茎的结构，根由此发育而来，而上胚轴发育成茎的结构，茎生叶、果和花。下胚轴的生长从胚根开始，而上胚轴的生长从子叶节开始。
下胚轴是主要的伸长结构，它发育成茎的第一部分，它承载花、果和叶。上胚轴是用来拉长胚胎的芽，真正的根是从中发育出来的。
下胚轴的子叶是绿色的，因此表现出光合活性；另一方面，上胚轴的子叶不进行光合作用。下胚轴有子叶出土。上胚轴在土壤里有子叶。
比较图
什么是下胚轴(hypocotyl)？
下胚轴是一个区域，通过胚芽萌发（其中钩状结构也形成）延伸到茎的第一部分，根由此发育。下胚轴是子叶节（子叶可以是单子叶和双子叶）和胚根（根胚的一部分）之间的区域。胚根是下胚轴的末端，在那里它停止生长。下胚轴伸长也受到生长素（植物激素）诱导下胚轴快速伸长的影响。在单子叶植物中，下胚轴不在地上，因为茎伸长不是单子叶植物的特征。
下胚轴的一部分位于绿色子叶下面，因此它们在自然界中是光合的。下胚轴的生长是由光形态发生控制的（植物结构的发展受光合光以外的光影响）。遮荫下的幼苗可能会引起转录反应，从而导致下胚轴生长速率的增加。如果植物暴露在黑暗中，则这种过程称为skotorphogenesis，而不是photophophogenesis。
在某些植物中，下胚轴可能会变大，称为贮藏**，在某些植物中，下胚轴可以生长在地上。下胚轴的例子有白屈菜和仙客来（它的贮藏**称为块茎）、芹菜。
下胚轴通过胚芽萌发，帮助子叶脱离土壤。胚芽的子叶离地。例如豆、蓖麻、棉花、木瓜、洋葱等。
什么是上胚轴(epicotyl)？
上胚轴是被子植物胚胎子叶上方的区域。上胚轴位于子叶节和胚芽之间。胚芽鞘（保护鞘）覆盖着上胚轴。上胚轴的终点是胚芽。上胚轴的作用是在地下土壤中发芽。上胚轴发育成茎的一部分，它位于地上，有叶子、果实和花。上胚轴的延长是由光敏色素光感受器（光敏色素感光器的一类）控制的，它对光的红色和远红**域很敏感。上胚轴子叶不具有光合活性。
双子叶植物种子上胚轴呈钩状，有向下的胚芽。当幼芽钩出来的时候，它的磨砂性土壤，它就受到损害保护。
上胚轴通过地下萌发萌发，这保证了子叶留在土壤下面。地下萌发的子叶在地下。例如豌豆，菜豆，豆荚，芒果，玉米，大米。
主要区别
- 萌发苗的下胚轴部分位于地面之上，而上胚轴部分位于地下。
- 下胚轴位于胚的种子叶下面；在另一边，上胚轴位于胚的子叶上方。
- 下胚轴在胚芽和子叶节之间，上胚轴在胚芽和子叶节之间。
- 下胚轴通过胚芽萌发（在地下植物的发育中起作用），而上胚轴通过胚芽萌发（在地上植物的发育中起作用）。
- 下胚轴的终点是子叶节，反之，上胚轴的终点是胚芽。
- 下胚轴发育成根系发育的结构，而上胚轴发育成茎的上部，有花、果实和叶子。
- 在胚芽萌发过程中，下胚轴延伸以将子叶带出；而在胚芽萌发过程中，上胚轴延伸以保持子叶在土壤中。
- 下胚轴的子叶是光合的，因为它们是绿色的，而上胚轴的子叶是不光合的。
- 胚的子叶在下胚轴出土，而胚的子叶在上胚轴的土里。
结论
下胚轴通过子叶下方的胚芽萌发，而上胚轴通过子叶上方的胚芽萌发。
