主要區別
下胚軸和上胚軸的主要區別在於，下胚軸位於種子葉（子葉）下方，而上胚軸位於莖子葉上方。
下胚軸(hypocotyl) vs. 上胚軸(epicotyl)
下胚軸在胚層萌發中起作用，以確保子葉從土壤中出來，而上胚軸在地下萌發中起作用，它負責將子葉保持在土壤中。下胚軸位於子葉節和胚根（胚根）之間，而上胚軸位於胚芽（從種子胚部分生長的第一個嫩芽）和子葉節之間。胚芽是上胚軸的末端，胚根是下胚軸的末端。
下胚軸發育成一種莖的結構，根由此發育而來，而上胚軸發育成莖的結構，莖生葉、果和花。下胚軸的生長從胚根開始，而上胚軸的生長從子葉節開始。
下胚軸是主要的伸長結構，它發育成莖的第一部分，它承載花、果和葉。上胚軸是用來拉長胚胎的芽，真正的根是從中發育出來的。
下胚軸的子葉是綠色的，因此表現出光合活性；另一方面，上胚軸的子葉不進行光合作用。下胚軸有子葉出土。上胚軸在土壤裡有子葉。
比較圖
什麼是下胚軸(hypocotyl)？
下胚軸是一個區域，透過胚芽萌發（其中鉤狀結構也形成）延伸到莖的第一部分，根由此發育。下胚軸是子葉節（子葉可以是單子葉和雙子葉）和胚根（根胚的一部分）之間的區域。胚根是下胚軸的末端，在那裡它停止生長。下胚軸伸長也受到生長素（植物激素）誘導下胚軸快速伸長的影響。在單子葉植物中，下胚軸不在地上，因為莖伸長不是單子葉植物的特徵。
下胚軸的一部分位於綠色子葉下面，因此它們在自然界中是光合的。下胚軸的生長是由光形態發生控制的（植物結構的發展受光合光以外的光影響）。遮蔭下的幼苗可能會引起轉錄反應，從而導致下胚軸生長速率的增加。如果植物暴露在黑暗中，則這種過程稱為skotorphogenesis，而不是photophophogenesis。
在某些植物中，下胚軸可能會變大，稱為貯藏**，在某些植物中，下胚軸可以生長在地上。下胚軸的例子有白屈菜和仙客來（它的貯藏**稱為塊莖）、芹菜。
下胚軸透過胚芽萌發，幫助子葉脫離土壤。胚芽的子葉離地。例如豆、蓖麻、棉花、木瓜、洋蔥等。
什麼是上胚軸(epicotyl)？
上胚軸是被子植物胚胎子葉上方的區域。上胚軸位於子葉節和胚芽之間。胚芽鞘（保護鞘）覆蓋著上胚軸。上胚軸的終點是胚芽。上胚軸的作用是在地下土壤中發芽。上胚軸發育成莖的一部分，它位於地上，有葉子、果實和花。上胚軸的延長是由光敏色素光感受器（光敏色素感光器的一類）控制的，它對光的紅色和遠紅**域很敏感。上胚軸子葉不具有光合活性。
雙子葉植物種子上胚軸呈鉤狀，有向下的胚芽。當幼芽鉤出來的時候，它的磨砂性土壤，它就受到損害保護。
上胚軸透過地下萌發萌發，這保證了子葉留在土壤下面。地下萌發的子葉在地下。例如豌豆，菜豆，豆莢，芒果，玉米，大米。
主要區別
- 萌發苗的下胚軸部分位於地面之上，而上胚軸部分位於地下。
- 下胚軸位於胚的種子葉下面；在另一邊，上胚軸位於胚的子葉上方。
- 下胚軸在胚芽和子葉節之間，上胚軸在胚芽和子葉節之間。
- 下胚軸透過胚芽萌發（在地下植物的發育中起作用），而上胚軸透過胚芽萌發（在地上植物的發育中起作用）。
- 下胚軸的終點是子葉節，反之，上胚軸的終點是胚芽。
- 下胚軸發育成根系發育的結構，而上胚軸發育成莖的上部，有花、果實和葉子。
- 在胚芽萌發過程中，下胚軸延伸以將子葉帶出；而在胚芽萌發過程中，上胚軸延伸以保持子葉在土壤中。
- 下胚軸的子葉是光合的，因為它們是綠色的，而上胚軸的子葉是不光合的。
- 胚的子葉在下胚軸出土，而胚的子葉在上胚軸的土裡。
結論
下胚軸透過子葉下方的胚芽萌發，而上胚軸透過子葉上方的胚芽萌發。
