主要区别
分支结构树与系统发育树的主要区别在于，分支结构树是一种以相同距离划分的图，显示了一个分支集合之间的联系，而系统发生树是一种进化树，显示了对系统发育的估计，其中每个分支的空间与伴随的进化变化量有关。
枝角树(cladogram tree) vs. 系统发育树(phylogenetic tree)
分支图树被认为是一个有分支的图，它显示了一组分支之间的关系。另一方面，系统发育树被认为是一个分支图，它显示了许多生物物种之间的偶然联系，这些物种通常基于不同和相似性以及遗传物质。分支图树的目的是它的形状显示了许多生物群之间的联系，而在系统进化树中，分支之间的距离依赖于间接进化变化的数量。
遗传距离或进化时间不是用分支图树来表示的，而生物群与进化过程之间的遗传距离用系统发育树来表示。一个关于真实进化史的假设是用分支图树来表示的；然而，系统进化树在某种程度上给出了真实的进化史。
分支图树主要基于待显示生物的形态特征；相反，系统发育树不仅基于生物的某些形态特征，还基于待描述生物的遗传关系。分支图树是由等长的分支组成的，这种分支长度并不代表进化距离，而在系统进化树中，分枝距离表示进化距离。
在分离生物类群时，分支图树并不表示进化时间的长短；在另一方面，系统发育树显示了区分生物类群时的进化变化量。
比较图
什么是枝角树(a cladogram tree)？
分支图树被称为分支图，在分支学中用来说明分支群之间的进化关系。一个分支被称为有机体的集合，它完全由一个共同祖先的进化后代组成。
一组有机体的进化变化量不是用枝角图树来描述的，也没有指明遗传距离或进化时间。分支结构树的每个分支都以一个分支结束，并从最后一个公共的前置分支开始。枝角图树主要是建立在特定生物的一些形态特征上。
分支图树是由相等长度的分支组成的，而这个分支长度并不能说明进化的距离。分支图树并不表示在分离生物类群时的进化时间。枝形图是用线画出来的，是一个树形图。在分支图中，节点象征着两个群体从共同的祖先中分离出来。
什么是系统发育树(a phylogenetic tree)？
系统发育树是一种进化树和分枝图，主要描述许多生物有机体之间的间接关系。在系统进化树中，分支之间的空间通常显示了偶然进化修改的程度。
许多特征，如内部解剖，外部形态，行为，DNA和蛋白质序列，生化途径，以及化石的证据，是最重要的用来建立一个系统发育树。系统进化树在某种程度上给出了真实的进化史，但它们并不总是正确的。DNA测序所提供的信息提高了树中关联的可靠性。
在进化生物学中，系统发育研究对于解决许多难题更为有用，例如，病毒感染的传播、物种与其起源的关系、物种的迁移模式，分子生物学方法的先进水平已经帮助许多生物学家计算出生物之间的系统发育关系，涉及到生物体的进化改造。
与分支图相比，系统发生树在以一种关于其后代和进化的有意义的方式讨论有机体之间的联系时包含了更多的意义。系统发生树通常被描绘成类似于分支树图，其中分支距离与分支图对比时的进化距离。
主要区别
- 分支图树不是进化树，因为它不显示进化关系；相反，它是一个图表，显示来自相同距离的分支，并显示一组分支之间的关系；另一方面，系统发生树被称为进化树，因为它显示了进化关系它显示了许多生物有机体之间的偶然联系，这些生物有机体通常是基于差异、相似性和遗传物质。
- 分支图树只对进化的实际历史给出了一些假设；相反，系统发育树没有给出任何假设，但它在一定程度上代表了进化史。
- 描述生物的形态特征是分支图树的主要基础，而在分支图树的另一方面，描述生物的形态特征和遗传关系是系统发育树的基础。
- 生物类群之间的联系可以通过分支图树的形状来表示；另一方面，系统发育树中分支的长度取决于偶然进化变化的程度。
结论
以上讨论得出结论，分支图树是基于假设图，而系统发育树是建立在有机体之间的遗传相互作用基础上的。
