主要差异爆破(main difference blast) vs. 法斯塔(fasta)

BLAST和FASTA是两个相似性搜索程序，它们根据过量的序列相似性来识别同源DNA序列和蛋白质。两个DNA或氨基酸序列之间的过度相似是由于共同的祖先同源性引起的。最有效的相似性搜索是比较蛋白质的氨基酸序列而不是DNA序列。BLAST和FASTA都使用评分策略来比较两个序列，并提供关于序列之间相似性的高度精确的统计估计。BLAST和FASTA的主要区别在于BLAST主要参与寻找无上限的局部最优序列比对，而FASTA主要参与寻找不太相似的序列之间的相似性。

覆盖的关键领域

1.什么是BLAST–定义、程序、用途2。什么是FASTA–定义、程序、用途3。BLAST和FASTA之间有什么相似之处——共同的特点4。BLAST和FASTA的区别是什么？主要区别的比较

关键词：BLAST，FASTA，DNA，核苷酸，蛋白质，氨基酸，同源性，相似性，期望值

What is BLAST

BLAST代表基本的局部对齐搜索工具。这将搜索查询序列和存储在国家生物技术信息中心（NCBI）网站上的序列之间的相似性。根据保存序列的同源性，可以检测出查询序列中可能存在的基因。BLAST是一种很流行的生物信息学工具，因为它能够快速识别两个序列之间的局部相似区域。BLAST计算一个期望值，它估计两个序列之间的匹配数。它使用序列的局部对齐。可以在这里找到NCBI BLAST web界面。

Figure 1: NCBI BLAST Web Interface

不同的爆炸搜索

什么是法斯塔(fasta)？

FASTA是另一种序列比对工具，用于寻找DNA和蛋白质序列之间的相似性。查询序列被分解成序列模式或被称为k元组的单词，并在目标序列中搜索这些k元组，以发现两者之间的相似性。FASTA是一个很好的相似性搜索工具。在查找序列相似性时，执行搜索的最佳方法是首先执行BLAST搜索，然后转到FASTA。FASTA文件格式被广泛用作BLAST等其他序列比对工具的输入法。可以在这里找到欧洲生物信息学研究所（EBI）提供的FASTA的web界面。

Figure 2: FASTA Web Interface

fasta程序

blast和fasta的相似之处

• BLAST和FASTA是两个序列比较程序，它们提供了将DNA和蛋白质序列与现有DNA和蛋白质数据库进行比较的工具。

• BLAST和FASTA都是快速和高度精确的生物信息学工具。

• 两者都使用成对序列比对。

爆炸(blast)和法斯塔(fasta)的区别

定义

BLAST：BLAST是一种比较原始生物序列信息（如核苷酸或氨基酸序列）的算法。

FASTA:FASTA是一个DNA和蛋白质序列比对软件包。

代表

BLAST：BLAST代表基本的局部对齐搜索工具。

FASTA:FASTA缺少“fast all”或“FASTA”。

全局/局部对齐

BLAST：BLAST使用局部序列对齐。

FASTA：FASTA首先使用局部序列比对，然后将相似性搜索扩展到全局比对。

局部序列比对

BLAST：BLAST通过比较两个序列中的单个残基来搜索局部比对中的相似性。

FASTA:FASTA通过比较序列模式或单词来搜索局部对齐中的相似性。

搜索类型

BLAST：BLAST更适合于在紧密匹配或局部最优序列中进行相似性搜索。

FASTA:FASTA更适合于在相似性较小的序列中进行相似性搜索。

工作类型

BLAST：BLAST最适合蛋白质搜索。

FASTA:FASTA最适合核苷酸搜索。

查询序列中的间隙

BLAST：在BLAST中，查询序列和目标序列之间不允许有间隙。

FASTA：在FASTA中，允许有间隙。

敏感

BLAST：BLAST是一种敏感的生物信息学工具。

法斯塔：法斯塔比爆炸更敏感。

速度

爆炸：爆炸比法斯塔快。

法斯塔：法斯塔比爆炸更快。

开发商

BLAST:BLAST由Stephen Altschul、Webb Miller、Warren Gish、Eugene Myers和David J。1990年，利普曼在国家卫生研究所工作。

FASTA:FASTA是由davidj。利普曼和威廉R。皮尔逊1985年。

意义

BLAST：目前，BLAST是应用最广泛的生物信息学相似性搜索工具。

FASTA：FASTA的遗产是FASTA格式，它现在在生物信息学中无处不在。

结论

BLAST和FASTA是生物信息学中用于寻找DNA或蛋白质序列相似性的两种成对序列比对工具。BLAST是核苷酸和氨基酸序列局部比对中应用最广泛的工具。FASTA是一个很好的相似性搜索工具，它使用序列模式或单词。它最适合于不太相似的序列之间的相似性搜索。BLAST和FASTA的主要区别在于每个工具所使用的相似性搜索策略。

引用

1.麦登，托马斯。”爆炸序列分析工具〉，《NCBI手册》[互联网]。第二版，美国。国家医学图书馆，2013年3月15日。网址：www。2017年6月9日。 2、“使用FASTA的成对序列比对”。N.p.，N.d.网站。这里有。2017年6月9日。 2、“使用FASTA的成对序列比对”。N.p.，N.d.网站。