大多数服用β-谷甾醇的患者不会出现任何副作用。其他人可能会经历轻微的副作用，通常仅限于胃肠道不适。然而，患有某些先前存在的疾病的患者可能会经历严重的副作用，从而导致或加重心脏病。与任何药物一样，过敏反应是β-谷甾醇可能的副作用之一，需要及时治疗。

最常见的副作用影响患者的消化系统，通常只发生在服用比医生建议的更多β-谷甾醇的患者身上。这些影响包括抽筋、消化不良、气体过多和恶心。服用该补充剂后，患者也可能出现便秘或腹泻。使用β-谷甾醇通常不会出现呕吐，尽管容易呕吐的患者可能在恶心发作时呕吐。在大多数情况下，确实经历过这些可能副作用的患者不会受到这些副作用的严重困扰，并继续按照规定服用补充剂。

男性也会经历β-谷甾醇的性副作用。众所周知，这种补充剂可以降低性欲并导致勃起功能障碍。当患者停止服用β-谷甾醇时，这些症状就会消失，并且通常不会引起关注，尤其是当患者服用这种补充剂的时间很短时。

β-谷甾醇也可能损害患者吸收维生素E和胡萝卜素的能力。β-谷甾醇的这些副作用可导致神经系统问题或长期健康并发症。这两种可能的影响都是由于维生素缺乏，而不是β-谷甾醇本身，可以通过补充维生素E和A来纠正。患者也可以吃富含这些维生素的食物来预防缺乏。

极少数情况下，严重的过敏反应可作为β-谷甾醇的副作用发生。过敏反应的症状包括皮疹或荨麻疹、面部或口腔肿胀、呼吸困难以及心率或血压变化。有这些症状的患者需要立即就医，以便治疗过敏反应。

谷甾醇血症患者也可能经历β-谷甾醇的副作用。在这些患者中，β-谷甾醇可导致心脏病或加重先前存在的心脏病。这是因为谷甾醇血症患者体内已经含有过多的β-谷甾醇，这会阻塞动脉并损害心脏。