从表面上看，始祖鸟与中生代任何其他有羽毛的恐龙没有太大区别：它是一种小型、尖齿、两腿、几乎不适于飞行的“恐龙鸟”，以虫子和小蜥蜴为食。然而，由于历史环境的综合作用，在上个世纪左右的时间里，始祖鸟一直作为第一只真正的鸟类出现在公众的想象中，尽管这种生物保留了一些明显的爬行动物特征——几乎可以肯定，它并不是今天生活的任何鸟类的直接祖先(另请参见关于始祖鸟的10条事实以及有羽毛的恐龙是如何学会飞行的？）

始祖鸟发现得太早，还不能完全理解

每隔一段时间，化石的发现就会击中“时代精神”——即当代流行思想的趋势——的头部。始祖鸟就是这样，在19世纪中叶查尔斯·达尔文发表了他的杰作《物种起源》后不到两年，就发现了保存完好的始祖鸟遗骸。简言之，进化就在空气中，在德国索伦霍芬化石层中发现的1.5亿年前的始祖鸟标本似乎捕捉到了生命史上最早鸟类进化的确切时刻。

问题是，所有这些都发生在19世纪60年代早期，远在古生物学（或生物学）成为完全现代科学之前。当时发现的恐龙数量不多,理解和解释始祖鸟的范围有限;；例如，中国辽东地区巨大的化石层尚未被发掘，这些化石层曾产出大量白垩纪晚期的羽毛恐龙。所有这些都不会影响始祖鸟作为第一只恐龙鸟的地位，但它至少会将这一发现置于恰当的背景下。

让我们权衡一下证据：始祖鸟是恐龙还是鸟？

始祖鸟是如此的详细，多亏了十几块解剖上完美的索伦霍芬化石，所以在判断这种生物是恐龙还是鸟类时，它提供了大量的“谈话要点”。以下是支持“鸟”解释的证据：

尺寸。始祖鸟成虫最大体重为一到两磅，大约相当于一只喂饱了的现代鸽子的大小——比一般食肉恐龙要轻得多。

羽毛。毫无疑问，始祖鸟身上覆盖着羽毛，这些羽毛在结构上与现代鸟类非常相似（尽管不完全相同）。

头和嘴。始祖鸟长而窄、锥形的头部和喙也让人想起现代鸟类（尽管要记住，这种相似性可能是趋同进化的结果）。

现在，支持“恐龙”解释的证据是：

尾巴。始祖鸟拥有一条长而骨瘦如柴的尾巴，这是当代兽脚类恐龙的共同特征，但在现存或史前的鸟类中都没有发现。

牙齿像它的尾巴一样，始祖鸟的牙齿与小型食肉恐龙的牙齿相似(一些后来的鸟类，如中新世的骨牙龙，确实进化出了牙齿状的结构，但不是真正的牙齿。）

机翼结构。最近一项关于始祖鸟羽毛和翅膀的研究表明，这种动物不能进行主动、有动力的飞行(当然，许多现代鸟类，如企鹅和鸡，也不会飞！）

关于始祖鸟分类的一些证据更加模糊。例如，最近的一项研究得出结论，始祖鸟的孵化需要三年时间才能达到成年体型，这在鸟类王国是一个虚拟的永恒。这意味着始祖鸟的新陈代谢不是典型的“温血动物”；问题是，食肉恐龙作为一个整体几乎肯定是吸热的，现代鸟类也是。你要怎么做就怎么做！

始祖鸟最好归类为过渡形态

根据上面列出的证据，最合理的结论是始祖鸟是早期兽脚类恐龙和真正鸟类之间的过渡形式（流行的术语是“缺失环节”，但由十几块完整化石代表的一个属很难被归类为“缺失！”）然而，即使这一看似没有争议的理论也并非没有缺陷。问题在于始祖鸟生活在1.5亿年前的侏罗纪晚期，而几乎可以肯定进化成现代鸟类的“恐龙鸟”生活在数千万年后的白垩纪早期至晚期。

我们该怎么办？进化有一种重复的方式——所以恐龙种群可能在中生代进化成鸟类不是一次，而是两到三次，而这些分支中只有一个（可能是最后一个）延续到了我们这个时代，并产生了现代鸟类。例如，我们至少可以确定鸟类进化中的一个“死胡同”：小猛禽，一种生活在早白垩世亚洲的神秘的四翼有羽毛的兽脚亚目动物。因为现在没有四翼鸟活着，所以小猛禽似乎是一个进化实验——如果你能原谅这个双关语的话——从未真正起飞过！