基础遗传学

当达尔文写《物种起源》一书时，遗传学，或者说性状如何从父母传给后代的研究，还没有得到充实。这一时期的大多数科学家都同意，后代确实从父母那里获得了他们的身体特征，但如何以及以何种比例获得还不清楚。这是当时达尔文的反对者反对他的理论的主要论点之一。达尔文无法解释这种遗传是如何发生的，这让早期反对进化论的人群感到满意。

直到19世纪末和20世纪初，格雷戈·孟德尔才用他的豌豆植物完成了改变游戏规则的工作，并被称为“遗传学之父”。尽管他的工作非常出色，他有数学依据，并且正确地说，人们花了相当长的时间才认识到孟德尔发现遗传学领域的重要性。

脱氧核糖核酸

由于遗传学领域直到20世纪才出现，达尔文时代的科学家没有寻找代代携带遗传信息的分子。一旦遗传学的学科变得更加广泛，许多人就争先恐后地发现到底是哪个分子携带了这些信息。最后，它被证明是DNA，一个相对简单的分子，只有四个不同的组成部分，确实是地球上所有生命的所有遗传信息的载体。

达尔文不知道DNA会成为他进化论的重要组成部分。事实上，被称为微进化的进化亚类完全基于DNA和遗传信息如何从父母传递给后代的机制。DNA的发现，它的形状，以及它的组成部分使得追踪这些随时间积累的变化成为可能，从而有效地推动进化。

埃沃德沃

另一个为现代综合进化理论提供证据的谜题是发育生物学的一个分支，称为Evo Devo。达尔文不知道不同生物群之间的相似性，也不知道它们是如何从受精发展到成年的。这一发现直到许多技术进步（如高性能显微镜）问世、体外试验和实验室程序完善后很久才显现出来。

今天，科学家们可以根据DNA和环境的线索来研究和分析单细胞受精卵是如何变化的。他们能够追踪不同物种的相似性和差异性，并追溯到每个卵子和精子的遗传密码。许多不同物种之间的发展里程碑是相同的，并指出生命树上的某个地方存在着生物的共同祖先。

化石记录的补充

尽管查尔斯·达尔文（Charles Darwin）在19世纪发现了相当多的化石，但自他去世以来，又有许多新的化石发现，成为支持进化论的重要证据。这些“较新”的化石中有许多是人类的祖先，有助于支持达尔文关于人类“通过改造而遗传”的观点。当他第一次假设人类是灵长类动物并且与类人猿有亲缘关系时，他的大部分证据都是间接的，但后来发现了许多化石来填补人类进化的空白。

虽然人类进化的想法仍然是一个非常有争议的话题，但越来越多的证据继续被发现，这有助于加强和修正达尔文的原始想法。然而，在人类进化的所有中间化石被发现之前，或者在宗教和人们的宗教信仰消失之前，进化的这一部分很可能会一直存在争议。由于这些不太可能发生，人类进化仍将存在不确定性。

细菌耐药性

我们现在拥有的另一项支持进化论的证据是，细菌如何快速适应，对抗生素或其他药物产生耐药性。尽管许多文化中的医生和医生使用霉菌作为细菌的抑制剂，但直到达尔文去世后，才首次广泛发现和使用青霉素等抗生素。事实上，直到20世纪50年代中期，为细菌感染开抗生素处方才成为常态。

直到抗生素的广泛使用变得普遍多年后，科学家们才认识到，持续接触抗生素会促使细菌进化，并对抗生素引起的抑制产生耐药性。这实际上是一个非常明显的自然选择的例子。抗生素可以杀死任何对抗生素不耐药的细菌，但对抗生素耐药的细菌能够存活并茁壮成长。最终，只有对抗生素有抗药性的菌株才会起作用，或者说“适者生存”的细菌已经出现了。

系统发育

的确，查尔斯·达尔文（Charles Darwin）拥有的属于系统发育范畴的证据数量有限，但自他首次提出进化论以来，情况发生了很大变化。当达尔文研究他的数据时，卡洛斯·林奈（Carolus Linnaeus）确实有一套命名和分类系统，这有助于他形成自己的观点。

然而，自从他的发现以来，系统发育系统发生了巨大的变化。首先，基于相似的物理特征，物种被置于生命系统发育树上。由于生化测试和DNA测序的发现，这些分类中的许多已经发生了变化。物种的重新排列通过识别物种之间先前缺失的关系以及这些物种何时从其共同祖先分支而影响并加强了进化理论。