为红眼服用抗生素的主要好处是，如果红眼是由细菌感染引起的，抗生素可能会在相对较短的时间内消除红眼。抗生素能够有效地杀死任何引起感染的细菌，包括红眼。有时抗生素处方过多，这意味着医生偶尔会在实际不需要的时候给他们开处方。当感染本质上不是细菌性的时候，使用抗生素治疗红眼可能只会杀死人体内的有益细菌，而有益细菌有助于抵抗有害细菌。如果没有好的细菌来消灭坏的细菌，一个人通常更容易受到其他类型的感染。
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另一个可能的缺点是服用抗生素治疗红眼，抗生素必须以滴眼液或软膏的形式给予。许多人，尤其是儿童，很难使用眼药水或任何其他类型的局部眼部药物，因为当任何东西靠近他们时，他们的眼睛会本能地闭上，这会严重限制实际到达眼睛的药物量。因此，用抗生素治疗红眼可能很困难，而且可能需要很长时间才能真正开始工作。通常不建议对红眼患者口服抗生素，因为尽管很难将外用药物注入眼睛，但用这种方法消除红眼的几率通常更大。

为了让医生确定是否需要抗生素治疗红眼，他必须确定红眼是否是细菌、过敏或某种病毒感染的结果。细菌性红眼感染通常会在眼睛内部和周围形成大量黄绿色分泌物。这种分泌物可能会粘在一起，有时人们很难睁开眼睛。当红眼病毒感染时，可能仍有来自眼睛的分泌物，但这种分泌物通常是清晰的。过敏导致的红眼患者通常会表现出其他过敏症状，如眼睛发痒、流泪和流鼻涕。
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尽管医生通常会尽其所能避免在不需要抗生素的情况下为红眼开抗生素处方，但他们仍然偶尔会犯错误。在大多数情况下，一个人应该继续服用医生开的任何药物。如果开了抗生素，而红眼似乎没有反应，那么可能需要另一位医生的检查，以便重新评估症状。