南方印迹是一种用于检测样本中的DNA并确定有多少DNA存在的技术。这一程序是以英国生物学家Edwin Southern命名的,他在20世纪70年代开创了这一技术。Southern印迹分析使用凝胶电泳来分离样品中的DNA片段,然后使用探针来检测感兴趣的DNA序列。
南方印迹法以从细胞中提取的DNA样本为起点。用限制性酶处理DNA,将核酸切割成不同大小的片段。接下来,DNA被送入变性琼脂糖凝胶电泳。这个过程在将片段分离成单链的同时,也将它们按大小分开。
南方印迹的下一步是将分离的DNA片段转移到尼龙或硝酸纤维素薄片上,该薄片可保持片段不移动。之后,将该片材与单链DNA的杂交探针进行孵化。探针的序列被设计成能与实验中试图检测的DNA序列结合。如果样品中存在互补的DNA序列,每个探针片段将与之结合,形成一段双链DNA。探针用放射性同位素标记,或用一种酶标记。在同一个实验中可以使用多个探针。
孵化完成后,Southern印迹过程的最后一步是揭示探针与互补DNA结合的位置。如果探针是用放射性同位素标记的,这将通过使用X射线来检测探针与样本DNA片段杂交的斑点来完成。当使用一种酶时,要进行进一步的孵化。用于此目的的酶是一种在与底物反应时产生彩色产物的酶,因此Southern印迹通过添加底物来完成,以显示探针DNA与样本DNA结合的位置。
南方印迹因各种原因而有用。该技术最简单的用途是使用探针来确定感兴趣的DNA序列,或必须为其他用途分离出的DNA序列。南方印迹也被用来确定一个样品中存在多少个特定序列的拷贝。这是可能的,因为当一个序列有更多的拷贝存在并与探针结合时,会产生更强的放射性或酶信号。
该技术的另一个常见用途是对细菌和其他微生物进行遗传操作。在这种情况下,对细菌的DNA进行探测,以确定外来DNA是否已成功引入细菌。南方印迹法也是限制性片段长度多态性技术的基础。
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