几个世纪以来，棕芥末一直被用作治疗从单纯牙痛到幼儿严重抽搐的药物。提到芥末作为一种药物通常意味着棕色芥末。这种药通常是从它的叶子和种子中提取的。在古代，希腊人非常重视芥末的药用价值，他们认为芥末是治疗之神阿西庇厄斯送给人类的礼物。

芥末作为一种药物最常见的用途是作为外用搽剂、膏药或膏药。芥子油轻微刺激皮肤，刺激血液循环，缓解肌肉疼痛。芥末膏被认为可以缓解某些支气管炎和胸膜炎。

当少量摄入体内时，芥末的成分可以用作泻药或改善消化。此外，如果服用剂量较轻，提取物往往会使胃部轻微发炎，导致出汗。出汗有时有助于治疗发烧、感冒和流感。大量摄入种子会导致呕吐。在一杯水中喝一茶匙种子通常会在10分钟内引起呕吐。因此，这种治疗有时用于酒精或药物过量的紧急治疗。。

在印度，芥末是在茶中煮出来的，可以缓解肌肉和骨骼疼痛，治疗发烧和感冒。中国人进一步使用药用芥末来治疗溃疡、脓肿以及风湿和腰痛引起的疼痛。他们认为叶子特别有助于治疗膀胱的炎症。

芥末的其他药用用途包括攻击蛇咬和蝎子叮咬产生的毒液，缓解瘀伤或颈部僵硬带来的疼痛，以及缓解绞痛和呼吸问题。据说芥菜籽壳中的油能促进毛发生长。它也被认为是一种有助于治疗癣的药物。

褐色芥末有时也被用作食物补充剂，以增加身体铁、锌、铬和硒的水平。它的油通常用于按摩治疗。并非所有的棕色芥末都是有益的。棕色芥末中含有一种异味和刺激性很强的化学物质，异硫氰酸烯丙酯。这种化合物在战时被用作化学武器生产芥子气。

棕芥菜的种子和叶子含有几种复杂的化学物质。它们包括酶、葡萄糖苷、硫、蛋白质和粘液。由于这些化学物质的作用，过去一些外科医生在给病人做手术之前，会使用一种棕色芥末膏来消毒双手。