膀胱疼痛的治疗可能因患者而异。在许多情况下，医生可能会开药来控制不适。间质性膀胱炎是膀胱疼痛综合征的另一个名称，通常在彻底体检后用物理疗法治疗。消除某些可能引起发作的食物和饮料是治疗膀胱疼痛的另一种方法。

那些反复出现膀胱疼痛的患者可能需要进行评估，以确定是否有其他疾病可能是原因。在某些情况下，胃肠炎或其他肠道疾病可能导致膀胱疼痛。尿路感染（UTI）也可能引起膀胱疼痛综合征。抗生素通常用于治疗尿路感染。阴道酵母菌感染也可能导致一些女性膀胱疼痛，通常用抗生素治疗。

对于一些患有慢性膀胱疼痛的患者，在某些活动期间症状可能会恶化。这可能包括长时间坐着或骑自行车。有些人在性活动期间或之后可能会感到膀胱疼痛。为了处理与各种活动相关的膀胱疼痛综合征症状，一些患者发现心理治疗是有帮助的。这通常是在心理学家或精神病医生的护理下完成的，可能需要几次治疗才能成功。。

压力会加重膀胱疼痛综合征的症状，所以最好尽可能地控制压力。缩短工作时间可能会暂时帮助一些患者。进行某些放松技巧或练习也可能是有益的。物理治疗师可以在一个疗程中演示这些技巧。

行为矫正疗法是治疗膀胱疼痛综合征症状的另一种方法。一种方法是教患者如何控制排尿冲动。尿频通常是与膀胱疼痛相关的症状之一，在许多接受这种治疗的患者中，无需使用其他药物即可有效控制尿频。

一些患者可能需要导尿来治疗膀胱疼痛。这通常在其他方法不成功时执行。导尿管插入膀胱，让尿液排出。为避免副作用和增加疼痛，应使用尽可能小的导管。